初创期小企业创新项目是支持创业初期、有较高的创新程度和技术水平、市场前景好，但企业资金较少的小企业的技术创新项目。小企业注册资金不超过300万，注册成立时间不超过18个月（申请2007年小企业创新项目的企业注册时间为2005年10月1日以后），原则上应是在初创期小企业创新项目服务机构内注册经营，且没有承担过创新基金项目的企业。创新基金将选择由具备有专业孵化功能的国家级科技企业孵化器（高新技术创业服务中心）、国家留学人员创业园、国家大学科技园、国家火炬特色产业基地（包含软件产业基地）等具备科技型中小企业专业抚育能力的机构为初创期小企业创新项目服务机构进行推荐。创新基金以无偿资助方式支持立项项目，资助额度为每个项目40万元，初创期小企业创新项目服务机构应等额支持，西部地区可以减半。初创期小企业创新项目服务机构的认定和项目的申请依照《科技型中小企业技术创新基金初创期小企业创新项目服务机构工作指引》执行。